La Dirección Ejecutiva de Cuarentena Agropecuaria del Ministerio de Desarrollo Agropecuario es la encargada de ejecutar las normas de la Dirección Nacionales de Salud Animal y Sanidad Vegetal, en materia de cuarentena exterior e interior, y del control interno de la movilización de animales y plantas, a fin de proteger el estado Fitozoosanitaria del patrimonio agropecuario nacional. Además, la de velar por la adecuada aplicación y ejecución de las normas fitosanitarias y sanitarias vigentes.
La Dirección Ejecutiva de Cuarentena Agropecuaria se crea mediante la Ley 23 de 15 de julio de 1997, bajo la dependencia directa del despacho superior del Ministerio de Desarrollo Agropecuario.
Proteger la sanidad agropecuaria, aplicando estrictas medidas sanitarias y fitosanitarias para evitar la posible introducción, establecimiento y diseminación de enfermedades y/o plagas exóticas que afecten la vida humana, animal, vegetal y el entorno medioambiental, contribuyendo así al intercambio comercial agropecuario expedito, oportuno y seguro.
Contar con un servicio permanente, eficiente, personal necesario y capacitado e infraestructuras adecuadas para garantizar la seguridad sanitaria y fitosanitaria del país.