En 1988, mediante el Resuelto ALP- 52ADM del 21 noviembre, se creó la Secretaría Técnica del Ministerio de desarrollo Agropecuario asignándole la responsabilidad de la coordinación y control de la gestión generada en las Direcciones Nacionales del Ministerio e Instituciones del sector Público Agropecuario, concretizando los acuerdos de las Comisiones por Rubro y los diferentes comités ejecutivos y que a la vez sirva de ente centralizador de información que permita la comunicación fluida entre las Comisiones, Comités y el Despacho Superior.

En ese momento sus funciones principales consistían en establecer mecanismos para garantizar la acción coordinada de los Comités Ejecutivos , las Comisiones Nacionales por rubro, el Consejo de Directores Nacionales y Regionales, el Gabinete Sectorial, y el Consejo Consultivo de acuerdo a las políticas del Sector Agropecuario con la programación de la Agenda del Despacho superior para estos temas, administrar el sistema de información y llevar las Actas de dichas reuniones para llevar el seguimiento de los Acuerdos de estas reuniones.

Posteriormente en 1999 con la organización del MIDA se incluyó en sus funciones en cuanto al Sistema de extensión: Actualizar y sistematizar el marco cuantitativo, mantener un sistema de información computarizado en el país y que se ejecuta a través de las Direcciones Regionales, así como evaluar el sistema de auditoría técnica a fin de mantener la eficiencia y eficacia en el servicio de extensión y asistencia técnica que se brinda.

Con la reorganización en el año 2005, se adicionan funciones en las que se enfatiza su función con respecto a la integración e implementación de la política agropecuaria, con la coordinación, facilitación, seguimiento y evaluación a la gestión de proyectos.

En el 2014, mediante Decreto ejecutivo N°9 del 12 de febrero, se reorganiza la estructura orgánica y funcional de Ministerio de Desarrollo Agropecuario y se asigna a la Oficina de Secretaría Técnica como principal integrante del nivel de coordinación del Ministerio.

Actualmente, la Secretaría, debe mantener el rol de ente Asesor del Despacho Superior en materia implementación de la política agropecuaria con la coordinación de los diferentes actores que intervienen: desde las instituciones descentralizadas del Sector hasta las Unidades técnicas internas Nacionales y Regionales orientando en la ejecución de los diferentes proyectos que se ejecutan.

El objetivo de la Secretaría Técnica es coordinar con losentes que tienen responsabilidad y participación, conforme con la dinámica de cambios e innovaciones requeridas, para promover el desarrollo sostenible del sector agropecuario y del medio rural a fin de lograr una orientación del Sistema de Extensión e Innovación Tecnológica Agropecuaria.

Además tiene como funciones relevantes, entre otras:

1. Orientar, coordinar y supervisar, la gestión normativa y operacional de las direcciones técnicas nacionales e instituciones del sector público agropecuario.
2. Apoyar a las Direcciones Nacionales e Instituciones del Sector Público Agropecuario, de manera que los servicios técnicos para la organización, capacitación empresarial, comercialización, exportación y crédito, sean accesibles y oportunos.
3. Desarrollar con las Direcciones Técnicas y Regionales el programa de capacitación en las áreas de producción, gestión por resultados y extensión agropecuaria; para difundir conocimientos y tecnología que aumentan la competitividad del sector.
4. Promover y coordinar los esfuerzos del sector a nivel intra e interinstitucional, tendientes a lograr la generación y adopción de tecnologías para el desarrollo del Sector Agropecuario.

Programa Nacional de Zonificación Agroecológica