El Ministerio de Desarrollo Agropecuario, a través de la Dirección Nacional de Salud Animal, mantiene un sistema de vigilancia epidemiológica para evitar el ingreso al país de enfermedades así como hacer la prevención, control y erradicación de enfermedades tales como: Fiebre aftosa, Brucelosis, Tuberculosis bovina y Gusano barrenador del ganado (Cochliomyia hominivorax), Rabia bovina, Leucosis Enzoótica bovina, Anemia Infecciosa Equina, Encefalitis Equina, Parasitosis internas y externas, Enfermedad de la Mancha Blanca y otras enfermedades exóticas de los animales.

De la misma manera en el aspecto fitosanitario la vigilancia epidemiológica preventiva se basa en evitar el ingreso al país de plagas y enfermedades como: Frankliniella occidentalis, El Acaro Rojo de las Palmáceas: Raoiella indica, El Gorgojo Khapra:Trogoderma granarium, Cochinilla Rosada: Maconellicocus hirsutus Green; Huang Long Bing o Amarillamiento Letal de los Cítricos, Anastrepha grandis conocida comúnmente como La Mosca Sudamericana de las Cucurbitáceas, La Mosca de la Fruta: Ceratitis capitata, Tuta absoluta larva de lepidopteras que afecta en particular los frutos de la planta del tomate.

Una de las acciones fundamentales en todo programa de prevención, control y/o erradicación de enfermedades y plagas de los animales y vegetales consiste en regular y controlar su movilización en el territorio nacional, ya que estos representan un medio potencial de transmisión y diseminación de las enfermedades y plagas contagiosas.

El Control Fito-Zoosanitario Interno de movilización, considera prioritariamente la movilización interna de animales, vegetales y sus productos y en casos de campañas y emergencias fito y zoosanitarias específicas de los animales y vegetales.

El fortalecimiento de los Puestos Cuarentenarios para el Control de la Movilización Interna de Bienes Agropecuarios, resulta ser la piedra angular de soporte para las campañas oficiales de Salud Animal y Sanidad Vegetal y la que sustenta además el sistema de control de la movilización, dentro de la modalidad “ORIGEN – DESTINO “, que, en su parte de movilización, divide al país en cinco zonas fito-zoosanitarias a saber:

1. Oeste (Chiriquí y Bocas del Toro).
2. Central (Veraguas, Los Santos y Herrera).
3. Centro (Coclé y Panamá).
4. Este(Darién).
5. Atlántica (Colón y la Comarca de Guna Yala).

Las cuales están delimitadas por Cordones Fito-Zoosanitarios y controlados por los puestos de control interno de movilización.
La existencia del Cordón, garantizaría que de presentarse un brote de alguna plaga o enfermedad exótica o epidémica; en alguna de las Regiones Fito- Zoosanitarias dicho problema difícilmente podría ingresar a las otras regiones, lo que no solo es una garantía para la totalidad de la industria Agropecuaria sino una valiosa herramienta a iniciar el proceso de control o erradicación de alguna eventualidad fito- zoosanitaria.

Las labores del Médico Veterinario, Ingeniero Agrónomo e Inspectores de la Dirección Ejecutiva de Cuarentena Agropecuaria, responsable de un Puesto Cuarentenario para el Control de la Movilización Interna, comienzan en el momento del arribo de los embarques de animales y vegetales, así como en casos especiales, asociados con Campañas Fito y Zoosanitarios o brotes de enfermedades o plagas exóticas o epidémicas, ampliar la inspección directa de cualquier transporte, carga o contenedor, que contengan dichos bienes.

Procedimiento en el Puesto de Control:
El primer paso de cualquier inspección, será el realizar un análisis exhaustivo de la documentación que deberá entregar el transportista, la cual debe incluir, perfectamente llenados, la totalidad de los documentos Fito-Zoosanitarios u otros emitidos por la autoridad civil, que amparan el cumplimiento de los requisitos para la movilización de las especies animales y vegetales, y en su caso de sus productos y subproductos.
Será responsabilidad del transportista o propietario, hacer entrega de la documentación legal y Fitosanitaria respectiva, la cual consiste en:
Licencia Fitosanitaria de movilización, otorgado por el MIDA, de acuerdo a los requisitos establecidos en el Resuelto ALP-008-ADM-99 del 4 de febrero de 1999, en el caso de los vegetales.

Certificado Zoosanitario de movilización (Permiso de Traslado), otorgado por el MIDA, de acuerdo a los requisitos establecidos en el Resuelto Nº ALP 073-ADM-08 del 31 de octubre del 2008.
El no contar con alguno de los documentos solicitados, justifica al jefe del Puesto Cuarentenario a la aplicación de medidas técnicas tales como:

•  Retención del embarque, en tanto se regularice la documentación
•  Ordenar el retorno del embarque a lugar de origen.
•  Ordenar su decomiso y destrucción, redactando en el Acta de Inspección, envío y/o Mercancía respectiva las condiciones que motivaron esa decisión. 

Una vez completada la revisión documental, en forma satisfactoria, el Médico Veterinario, el Ingeniero Agrónomo o el Inspector del Puesto Cuarentenario, según sea el caso, en presencia del interesado, realizará la inspección ocular de acuerdo a siguiente orden:

•  Revisará el estado general de higiene del vehículo en el que se transporten los bienes. 
•  Realizará la inspección de los animales, vegetales y demás bienes agropecuarios, en el transporte, en condiciones normales de operación o en forma individual, cuando así lo señalen las Direcciones Nacionales de Salud Animal y Sanidad Vegetal, según sea el caso, como parte de las Campañas Fito o Zoosanitarias específicas.
•  En todos los casos se deberá confrontar el número, la especie, la raza, la edad, el sexo, el ferrete o las marcas y otras características especificadas en la documentación oficial que acompaña a embarque. 
•  Aquellos embarques de animales que muestren infestación por ectoparásitos, o síntomas de enfermedad deberán ser retornados o retenidos. 
•  Los embarques de animales o vegetales, que una vez terminada la inspección y a criterio del Médico Veterinario oficial, Ingeniero Agrónomo o Inspector del Puesto Cuarentenario, según sea el caso, no cumplan con los requisitos legales, fitosanitarios o sanitarios para su movilización, se ordenara su retorno; sin responsabilidad oficial o civil alguna para la autoridad sanitaria. 
•  Deberá entregar invariablemente copia del acta al interesado e indicarle que, si tiene dudas o desea, interponer el recurso de apelación, este lo deberá tramitar ante la oficina de la Dirección Ejecutiva de Cuarentena Agropecuaria, ubicadas en las instalaciones del Ministerio de Desarrollo Agropecuario, en Altos de Curundu, Ciudad Capital.

El Médico Veterinario, el Ingeniero Agrónomo o el Inspector de Cuarentena Agropecuaria, están autorizados para que, en caso de duda o que no se incluyan resultados de alguna de las pruebas solicitadas, ordenara la retención del embarque o la devolución del embarque.

Deben anotarse claramente en el Acta, las particularidades de tal hecho, el no hacerlo, implicaría plena y absoluta responsabilidad, para el funcionario, en caso de algún reclamo.

Una vez concluida la inspección y esta haya sido satisfactoria, el Médico Veterinario, el Ingeniero Agrónomo o el Inspector de Cuarentena Agropecuaria responsable del Puesto de Cuarentenario, colocará los sellos y firmas oficiales en la documentación del embarque, y se entregara al interesado los documentos oficiales debidamente sellados, para que el embarque continúe hasta su destino final o al siguiente Puesto Cuarentenario, según sea el caso.

Los sellos de los camiones que transporten animales o vegetales controlados durante su movilización interna, solo podrán ser retirados en el lugar de destino por personal oficial del MIDA.